Schon früh wurde die Pfarrkirche mit kanonischen Bruderschaften ausgestattet, wobei auch etliche bischöfliche Ablässe einflossen.

1614 entstand die wohllöbliche Sennen- und Alpbruderschaft der Gemeinden Isenthal und Seelisberg unter dem Schutze des heiligen Bischofs Theodul und des Erzengels Michael. Die Seelisberger hatten nämlich verschiedene Alprechte auf den Isenthaler Alpen.

1644 folgte die Rosenkranz-Bruderschaft. Das Bruderschaftsbuch vermeldet, dass Frau Anna Willin, Frau des „Rathsherren Andreas Ziegler 100 Gulden vergabte“.

1650 Die Sebastians-Bruderschaft der Schützen gehört ebenfalls dazu. Sie erinnert auch an die Pestzeit um 1630. Sebastian wurde in „bresthafter Zeit“ (schlechten Zeiten) als Nothelfer verehrt.

1745 folgte die Herz-Maria Bruderschaft.

1776 die Skapulier-Bruderschaft. (Diese trugen ein schulterbreites Tuch, das, von den Schultern herabfallend, Rücken und Vorderfront des Körpers bedeckt.)

Unter Pfarrer Peter Anton Furrer von Hospenthal, der von 1844 bis 1883 in Seelisberg eine vielseitige und segensreiche Tätigkeit entfaltete, sind folgende Bruderschaften entstanden:

1863 die Bruderschaft vom guten Tod.

1872 die St. Michaels-Bruderschaft.

Pfarrer Furrer hat z.B die Brotstiftung und Schuhstiftung gegründet. Er war somit sehr um das soziale Wohlergehen der Pfarrkinder besorgt. Die Bruderschaften waren meistens mit geschenkten Kapitalien ausgestattet, aus deren Erträgen die Gedächtnisse gehalten wurden.